對有害投入品的投入變換手法，給檢測工作帶來了難度。如養殖戶添加“瘦肉精”變過去的全程添加為現在的宰前二十天停止添加，規避了通行的尿樣檢測，但肝、腎、肌肉中仍然殘留，食用后對人體健康仍然有較大的危害。
　　有害投入品的功能花樣翻新，危害面較大。現在有害投入品的功能，不僅是為了降低成本，還包括改變顏色、形狀、口感等，并不斷開發“新的功能”。例如，為了提高銷售價格，某地十多家養雞場竟在雞飼料里添加了加麗素紅（色素）以生產所謂“紅心土雞蛋”；為防止蒼蠅污染，竟在火腿上噴敵敵畏；為使蠶蛹顯得新鮮，竟給蠶蛹噴敵敵畏，使之不住搖頭；在魚池中加入激素，使魚保持活力，不斷游動；給屠宰前的生豬喂鹽，使之口渴喝水，以增加肉中水分等。
　　有些企業打著金字招牌制售污染食品，欺騙性較大。一些不法分子將普通的甚至是污染的食品進行包裝，貼上“有機食品”、“綠色食品”、“無公害食品”、“質量安全食品”的標簽，或打著著名品牌的招牌，進入超市高價出售，利用品牌、超市的信譽度和影響力，欺騙消費者。
　　以低營養食品原料替代生產假冒高營養食品，銷售重點由城市轉向農村。由于廣大農村尤其是經濟落后的偏遠地區，收入水平較低，監管力度較弱，加上農民食品安全意識普遍不強、鑒別能力差，給制假售假者提供了一個寬松的環境。于是，一些不法分子將假冒偽劣和有害物超標食品的銷售重點，由城市轉向農村。